Semenjak tahun pelajaran 2013/2014, SMAN 16 Batam telah bertambah 2 (dua) gedung baru bantuan dari Kemendikbud Dirjen Pembinaan SMA yang bersumber dari dana APBN 2013, yaitu :
1. Gedung Lab. IPA &
2. Gedung Perpustakaan
Gedung tersebut berdiri kokoh di sudut lahan lokasi SMAN 16 Batam di fasilitas umum Kav. Mangsang Permai, Kelurahan Mangsang Kecamatan Sungai Beduk - Batam.
Gedung yang terdiri dari 2 (dua) lantai, masing-masing berukuran (8 x 15) m, lantai atas merupakan Gedung Perpustakaan dan lantai bawah diperuntukkan sebagai Laboratorium IPA.
